كانت القرية تقع على تل ذي انحدار غربي، مشرفة على مساحة شاسعة إلى جهة الغرب، حيث يمكن رؤية السهل الساحلي بالعين المجردة. وكان يحف بها من الشمال والجنوب واديان يلتقيان ليكوِّنا وادياً ضحلاً غربي الموقع. وكان بعض الطرق الفرعية يصل خربة زكريا باللد والرملة، كما كانت طرق أُخرى ودروب ترابية تصلها بقرى مجاورة عدة. كانت منازل القرية مبنية بالطوب في معظمها. وكان أكثر سكانها من المسلمين، وكانوا يستمدون مياه الاستعمال المنزلي من نبع يقع في الطرف الشمالي للموقع، ويعملون في تربية المواشي وفي الزراعة البعلية؛ فيزرعون الحبوب والفاكهة والخضروات. في 1944/ 1945، كان ما مجموعه 2161 دونماً مزروعاً حبوباً. وكان في القرية بقايا بناء معقود السقف، وأُسس من أبنية أُخرى. كما كان فيها صهاريج منحوتة في الصخر، ومعصرة، وسوى ذلك من الآثار التي تشهد على قدم تاريخها. وكان في جنوبي الموقع مقام لنبي يدعى زكريا.
