كانت القرية مبنية على قمة نجد صغير مكوَّر الشكل، يمتد من السفح الشمالي لجبل فقوعة. وكانت تشرف على وادي الأردن من جهتي الشمال والشمال الشرقي، وتصلها طريق ترابية بقرية تل الشوك، من قرى قضاء بيسان. وقد صُنِّفت خربة الجوفة مزرعةَ في "معجم فلسطين الجغرافي المفهرَس" (Palestine Index Gazetteer)، الذي وُضع أيام الانتداب.
على الرغم من أن القرية كانت تقع في قضاء جنين، فقد كان جبل فقوعة يفصلها عن جنين. ولذلك كانت أشد تأثراً بالحوادث التي جرت في مدينة بيسان، الواقعة على بعد 7 كيلومترات إلى الغرب منها. والأرجح، إذاً أن تكون سقطت في قبضة لواء غولاني في أيار/ مايو 1948، في أثناء اندفاعه نحو بيسان والوادي المحيط بها. واستناداً إلى المؤرخ الإسرائيلي بني موريس، من الجائز أن يكون سكان خربة الجوفة فروا في 12 أيار/ مايو، من جراء احتلال بيسان التي استسلمت في اليوم نفسه 
.
بعد سنة 1948، مرّ خط الهدنة الفاصل بين إسرائيل والضفة الغربية على بعد قليل من خربة الجوفة، إلى جهة الغرب، مجتازاً أراضي قرية فقوعة المجاورة (وهي الآن في الضفة الغربية). وقد ضُمَّت أراضي هذه القرية الواقعة إلى الشرق من خط الهدنة، داخل إسرائيل، إلى الأراضي التي كانت تابعة لخربة الجوفة. لذلك لم يعد من الممكن تمييز أراضي فقوعة من أراضي خربة الجوفة. وتقع مستعمرة معاليه غلبواع (189209)، التي أُسست في سنة 1962، ضمن هذه الأراضي المختلطة، إلى الجنوب الغربي من موقع القرية.
على الرغم من بقاء بعض الحيطان المهدمة، فقد حُوِّل معظم منازل القرية إلى أنقاض. والمنطقة كلها مسيَّجة، وتستخدم مرعى للمواشي. وثمة في الموقع خزان ماء كبير لكيبوتس معالي غلبواع (أنظر الصور).
