جاء في 'تاريخ الهاغاناه' أنه عندما دمر لواء هنيغف (النقب) التابع للبلماح قرية برير، 'بدأ الفلاحون من القريتين المجاورتين حليقات وكوكبا بالفرار في اتجاه جبال الخليل.' وقد حدث ذلك في 13 أيار/ مايو 1948، خلال عملية براك. كما أقام البلماح مركزاً له في القرية. لكن الكاتب المصري محمد عبد المنعم يقول إن القوات المصرية استعادت حليقات في 8 تموز/ يوليو، قبل انتهاء الهدنة الأولى في الحرب مباشرة. فقد استولى المصريون بواسطة العربات المصفحة على القرية خلال هجوم مباغت من الشمال، وصمدوا فيها حتى الهدنة الثانية. ويقول عبد المنعم إن هذه العملية جاءت رداً على تعديات القوات الصهيونية في المنطقة 
.
ويبدو أن بعض سكان القرية ظل فيها طوال الهدنة الثانية، إلى أن اندلع قتال عنيف بين القوات المصرية والإسرائيلية وأدى إلى النزوح عنها ثانية. وقد سقطت حليقات مجدداً في 19-20 تشرين الأول/ أكتوبر، بحسب ما ورد في رواية 'تاريخ حرب الاستقلال'، وذلك في أثناء هجوم ذي شعبتين انطلق من بيت طيما في الشمال الغربي، ومن كوكبا في الشمال. ودارت المعركة بين لواء غفعاتي والقوات المصرية، على مسافة قريبة جداً في بعض الأماكن. ويصرّ المؤرخ الإسرائيلي بِني موريس على أنه 'لم تحدث أية عمليات طرد، وإنما كل ما في الأمر أن السكان فرّوا من وجه المعارك التي كانت تقترب منهم.' وفي 20 تشرين الأول/ أكتوبر، كتب مراسل صحيفة 'نيويورك تايمز' أن حليقات، 'وهي أقصى مركز جنوبي يحتله المصريون في الصحراء ذاتها، سقطت الليلة الماضية في إثر معركة كانت الأعنف في هذه الحملة...'، وكان 600 جندي مصري نظامي يدافعون عن القرية فسقط منهم 100 قتيل تقريباً، وأُسر عدد مماثل؛ وذلك استناداً إلى رواية الصحيفة ذاتها. ويضيف الكاتب المصري عبد المنعم أنه باحتلال حليقات 'تم [للعدو] فتح الطريق إلى مستعمراته الجنوبية وأصبح يهدد قواتنا تهديداً خطيراً' .
